1. Sulawesi
Di wilayah ini terdapat hutan pegunungan, untuk melindungi ekosistem yang ada kemudian di sebagian daerah ini di resmikan sebagai Kawasan Cagar Alam Tangkoko di puncak gunung kembar dan puncak dua saudara di ujung paling utara Sulawesi.
2. Nusa Tenggara
Persebaran flora di daerah Nusa Tenggara di dominasi oleh hamparan Sabana Tropis seperti yang terdapat di Kawasan Cagar Alam Pulau Komodo
3. Maluku
Di wilayah ini terdapat hutan campuran dengan berbagai jenis pohon dan hasil rempah-rempah yang terkenal, antara lain :
a. Pohon Kenari
b. Hutan Sagu
c. Berbagai rempah-rempah seperti :
- Pala
- Cengkeh
- Kayu Manis
- Lada
Selain jenis tumbuhan di atas terdapat beberapa jenis flora khas yang menjadi maskot di wilayah sebaran flora kepulauan Wallacea, yaitu :
1. Sulawesi Utara : Langsei (Ficus minahasae)
2. Sulawesi Tengah : Pohon Eboni
3. Sulawesi Selatan : Lontar
4. Sulawesi Tenggara : Anggrek Serat
5. Nusa Tenggara Barat : Ajan Kelicung (Diospyros macropylla)
6. Nusa Tenggara Timur : Tanaman Cendana
7. Maluku : Anggrek Larat (Dendrobium phalaenopsis)