- Pulau Sulawesi
- Pulau Timor
- Kepulauan Nusa Tenggara, seperti Flores, Sumba, Lombok Komodo dan pulau-pulau kecil disekitarnya
Wilayah fauna Indonesia Tengah terletak diantara Garis Wallace dan Garis Webber. Garis Wallace memisahkan wilayah fauna Indonesia Tengah dengan Indonesia Barat. Garis Webber memisahkan wilayah fauna Indonesia Tengah dengan Indonesia Timur.
Beberapa jenis fauna yang hidup di wilayah fauna Indonesia Tengah antara lain :
1. Mamalia, meliputi anoa, babi rusa, ikan duyung, kuskus, monyet hitam, beruang tarsius, monyet saba, kuda, sapi dan banteng.
2. Reptil, meliputi biawak, kura-kura, buaya, ular dan reptil raksasa khas Indonesia yaitu komodo
3. Amfibia, meliputi katak air, katak pohon dan katak terbang
4. Berbagai macam burung, meliputi burung dewata (burung cendrawasih), maleo, mandar, raja udang, burung pemakan lebah, rangkong, kakaktua, nuri dan merpati.