Persebaran wilayah fauna Indonesia Timur meliputi :
1. Kepulauan Maluku dan kepulauan kecil di sekitarnya
2. Papua (Irian) dan sekitarnya.
Wilayah fauna Indonesia Timur berbatasan dengan Wilayah Fauna Indonesia Tengah dan dibatasi oleh garis khayal yaitu Garis Webber, dan termasuk dalam kelompok fauna dunia zona Australis.
Beberapa jenis fauna yang hidup di wilayah Fauna Indonesia Timur antara lain :
1. Mamalia, terdiri atas kangguru, walaby, beruang, nokdiak (landak Irian), oposum layang (pemanjat berkantung), kuskus, kangguru pohon dan kelelawar.
2. Reptilia, terdiri atas buaya, biawak, ular, kadal dan kura-kura
3. Amfibia, terdiri atas katak pohon, katak terbang dan katak air
4. Burung, terdiri atas nuri, raja udang, cendrawasih, kasuari dan namudur
5. Berbagai jenis ikan
6. Berbagai macam serangga
Platypus