1. Hutan hujan tropis
Hutan ini beriklim Af dan berada di sekitar Jawa bagian barat dengan curah hujan yang cenderung tinggi. Beberapa kawasan vegetasi hutan hujan tropis di Jawa bagian barat adalah Cagar Alam Ujung Kulon di Banten, Cagar Alam Cibodas, dan Pananjung Pangandaran di Jawa Barat
2. Hutan musim tropis
Hutan ini berada di sekitar Jawa Barat bagian utara sampai Jawa Tengah dan sebagian Jawa Timur. Kawasan ini memiliki iklim Am dengan curah hujan kurang sehingga jenis vegetasi yang biasa terdapat di daerah ini dan menjadi ciri khas adalah jenis tumbuhan yang meranggas pada waktu musim kemarau, seperti pohon jati. Kawasan hutan ini berada di Alas Roban, Jawa Tengah, dan hutan jati di sekitar Jepara.
3. Sabana tropis
Sejenis padang rumput yang diselingi oleh pohon besar. Jenis iklimnya Aw yang ditandai dengan jumlah curah hujan tahunan sedikit. Kawasan ini berada di Jawa bagian timur sampai Bali. Contohnya, Cagar Alam Baluran Jawa Timur dan Taman Nasional Bali Barat.
Di bawah ini beberapa flora yang menjadi maskot untuk daerah Jawa dan Bali:
1. DKI Jakarta : Salak Condet
2. Jawa Barat : Gandaria
3. Jawa Tengah : Bunga Kantil
4. DI Yogyakarta : Pohon Burahol atau Kepel
5. Jawa Timur : Bunga Sedap Malam (Polianthes tuberosa)
6. Bali : Kayu Manjegau